Un software per una filogenesi accurata
03/02/2007
Sarà possibile ricostruire i processi evolutivi, determinare i rapporti fra le specie e tracciare gli alberi filogenetici con un’accuratezza finora mai ottenuta grazie a un nuovo metodo per identificare stringhe cortissime di nucleotidi invertiti – le cosiddette microinversioni – messo a punto da ricercatori dell’Università della California a San Diego (http://www.ucsd.edu/) e della Brown University (http://www.brown.edu/) e illustrato sull’ultimo numero dei Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS, http://www.pnas.org/).
Le microinversioni – della lunghezza in genere di decine o centinaia di coppie di basi – possono essere rilevate soltanto se si dispone della esatta sequenza di nucleotidi della stessa regione del genoma per tutte le specie prese in considerazione. Molti studi recenti hanno indicato le microinversioni come una importante fonte di variabilità genetica in precedenza non caratterizzata.
“Via via che diventano disponibili sequenze del genoma con risoluzione sempre più fine – ha detto Mark Chaisson, primo firmatario dell’articolo – le microinversioni acquistano sempre maggiore importanza per la comprensione della diversità genetica fra e all’interno delle specie.”
"Abbiamo osservato microinversioni nello 0,1 per cento dei genomi di mammiferi, e possiamo confermare gran parte delle idee oggi accettate sulla storia dell’evoluzione. Ma quando avremo esteso queste analisi all’uno per cento dei genomi in esame, saremo in grado di gettare luce sulla separazione di quelle specie che hanno suscitato controversie nell’ambito della biologia molecolare.” Ha puntualizzato Pavel Pevzner, che ha diretto lo studio.
Per ottenere i loro risultati i ricercatori hanno sviluppato un apposito sistema software open source, InvChecker, con il quale hanno in particolare studiato le differenze specifiche fra la regione CFTR, sul cromosoma 7, dell’uomo e dello scimpanzè. Hanno così scoperto che l’80 per cento delle microinversioni che di recente sembravano essere state identificate sono in realtà degli artefatti dei metodi usati e non microinversioni reali. Per contro, hanno identificato altre 187 microinversioni che erano invece sfuggite alle ricerche precedenti.
